Më 5 korrik 2001, Qeveria e Maqedonisë dhe kryengritësit shqiptarë arrijnë marrëveshjen për paqe. Me këtë marrëveshje u arrit të ndërpritet konflikti, që përfundoi me të ashtuquajturën Marrëveshje të Ohrit të nënshkruar më 13 gusht në Ohër të Maqedonisë.

Shkatërrimi i RSFJ-së dhe pavarësimi i Republikës të Maqedonisë shkaktoi ndryshime të thella politike, shoqërore dhe ekonomike asokohe. Pluralizmi manifestohej me formimin e partive politike të cilat, në vend të atij ideologjik, kishin karakter të fuqishëm etnik.

Si rezultat i këtij tranzicioni, një pjesë e madhe e popullsisë mbetet pa punë, kurse varfëria, korrupsioni, kriminaliteti dhe kriza ekonomike marrin përmasa shumë të mëdha.

Ekonomia e shkatërruar, aferat dhe skandalet politike, korrupsioni dhe marrëdhëniet e keqësuara ndëretnike edhe më shumë e destabilizuan vendin. Duhet të theksohet fakti se me Kushtetutën e vitit 1991, shqiptarët i humbën të drejtat të cilat, formalisht, i gëzonin me Kushtetutën e vitit 1974. Për këto shkaqe Kushtetuta u miratua pa votat e deputetëve shqiptarë në Parlament.

Periudha e viteve 2000-2001 në Maqedoni, karakterizohet me papunësi të madhe (400.000 persona të aftë për punë ishin të papunësuar kurse 80.000 familje merrnin ndihma sociale) dhe me procesin e papërfunduar të privatizimit i shoqëruar me procedura për falimentim për shumë ndërmarrje.

Jeta politike karakterizohet me parti një etnike, ndërsa Qeveria udhëhiqej nga parti nacionaliste. Qeverisja ishte e centralizuar, kurse sistemi juridik dhe ligjet nuk ishin të përfunduara (nuk ishin miratuar ligjet e nevojshme, ndërsa ato të miratuarat shpesh ndryshonin dhe gjykatat shumë ngadalë vendosin për lëndët). Edhe pse në Parlament kishte përfaqësues shqiptarë dhe në koalicionin qeveritar kishte ministra-shqiptarë, në administratë dhe strukturat shtetërore, shqiptarët nuk ishin proporcionalisht të përfaqësuar. Partitë politike të shqiptarëve në RM publikisht vazhdojnë të tregojnë pakënaqësinë nga statusi i tyre në jetën politike dhe publike në vend.

Tensionimi i marrëdhënieve ndëretnike vjen në shprehje gjatë protestave të shqiptarëve me kërkesë për rritjen e të drejtave kolektive ku ndëshkohen dhe konfrontohen me policinë si dhe gjatë protestave të maqedonasve kundër shtimit të të drejtave të shqiptarëve.

Konflikti i armatosur, filloi në rrethinën e fshatit Tanushë të Shkupit, në shkurt të viti 2001. Aktivitetet luftarake zhvilloheshin në rajonin e Kumanovës dhe Likovës, atë të Tetovës dhe Shkupit. Gjatë konfliktit, Ushtria Çlirimtare Kombëtare (UÇK) i sulmonte forcat e sigurimit të Republikës së Maqedonisë, mobilizoi një pjesë të popullatës shqiptare për të marrë pjesë në aktivitetet luftarake dhe aktivitete kundër popullatës civile.

Forcat e sigurimit i sulmonin pozitat e UÇK-së me armatim të rëndë, përgatitnin prita për anëtarët e UÇK-së, arrestonin qytetarë që dyshohej se ishin anëtarë dhe bashkëpunëtorë të UÇK-së, bënin aktivitete kundër popullsisë civile. Në rajonet e krizës dhe përreth ishin vendosur postblloqe policore.

Shumë njerëz i lëshuan vatrat e tyre në rajonet e krizës dhe si refugjatë ose si të zhvendosur të brendshëm, vendoseshin në vende tjera, brenda dhe jashtë vendit.

Në të dyja anët kishte viktima në njerëz, kurse në rajonet e krizës kishte edhe dëme materiale ndaj shtëpive dhe pronës së popullatës, si dhe shkatërrime të objekteve fetare dhe kulturore-historike.

Bashkësia ndërkombëtare ishte aktive që nga fillimi i konfliktit të armatosur edhe pse pjesëmarrja e saj nuk ishte e barabartë. Në fillim ajo i dënonte aktivitetet e UÇK-së dhe i shpalli si terroriste, kurse më vonë kërkonte nga Qeveria dhe Parlamenti që t’i marrin parasysh kërkesat e tyre.

Nën ndikimin e bashkësisë ndërkombëtare formohet edhe qeveria e koalicionit të gjerë e përbërë nga katër partitë më të mëdha, në të cilën përveç VMRO-DPMNE-së dhe PDSH-së hynë edhe LSDM-ja dhe PPD-ja. Përmes përfaqësuesve të saj të emëruar nga BE dhe SHBA, Bashkësia ndërkombëtare merrte pjesë në formulimin e Marrëveshjes Kornizë dhe e stimulonte nënshkrimin e së njëjtës. Menjëherë pas kësaj, vëzhgojnë dhe stacionohen forca të NATO-së në territorin e Republikës së Maqedonisë.

Përmbajtja e marrëveshjes kornizë për zgjidhjen e situatës politike e të sigurisë në Maqedoni, që të hënën edhe zyrtarisht, në gjuhën angleze e nënshkruan kryetari i Republikës së Maqedonisë, Boris Trajkovski, lideri i VMRO-DPMNE-së dhe kryeministër Lubço Georgievski, liderët e LSDM-së Branko Cërvenkovski, të PPD-së Imer Imeri dhe PDSH-së Arbën Xhaferi. Në dokument, nënshkrime si dëshmitarë zyrtar i vunë edhe lehtësuesit ndërkombëtar në dialog – Fransoa Leotar dhe Xhejms Perdju.